廃水ベースの疫学のための包括的なオープンソースデータモデル：PHES-ODMと構造の紹介

要約:

最近のSARS-COV-2のパンデミックにより、人口の健康状態を監視する低コストの方法として、廃水ベースの疫学（WBE）が採用されるようになりました。それと並行して、パンデミックにより、研究者は一般市民により良いサービスを提供し、科学を加速させるために、データをオープンに共有するようになりました。ただし、環境監視データは状況に大きく依存しているため、サイト間で有意義に解釈することは困難です。このホワイトペーパーでは、環境監視データの相互運用性を高め、コンテキスト（メタ）データの保存を可能にするオープンソースの辞書とデータツールセットである公衆衛生環境監視オープンデータモデル（PHES-ODM）の第2弾を紹介します。データモデルには、環境監視プログラムのデータ、さまざまな標本（水、空気、地面、場所、個体群）で行われた測定に関するメタデータ、および測定プロトコルに関するデータの保存方法が記述されています。このモデルには、PCR 計算やデータ検証、入力テンプレートへのデータの記録、分析用のワイドテーブルの生成、SQL データベース定義の作成など、PHES-ODM 形式のデータの収集と使用をサポートするソフトウェアツールが用意されています。PHES-ODMは完全にオープンソースで、カナダ、欧州連合、その他の国の機関ですでに採用されています。PHES-ODMは、SARS-CoV-2以降の環境公衆衛生サーベイランスのための堅牢で相互運用可能なオープンデータセットを作成するための道筋を提供します。

キーワード: データモデリング、環境公衆衛生、メタデータ、オープンサイエンス、SARS-CoV-2、廃水ベースの疫学