Un modèle de données exhaustif et open source pour l'épidémiologie basée sur les eaux usées: Présentation du PHES-ODM et de la structure

RÉSUMÉ :

La récente pandémie de SRAS-COV-2 a déclenché l'adoption de l'épidémiologie basée sur les eaux usées comme moyen peu coûteux de surveiller la santé des populations. Parallèlement, la pandémie a encouragé les chercheurs à partager ouvertement leurs données pour mieux servir le public et accélérer la science. Cependant, les données de surveillance environnementale dépendent fortement du contexte et sont difficiles à interpréter de manière significative d'un site à l'autre. Cet article présente la deuxième version du modèle de données ouvertes de surveillance environnementale en santé publique (PHES-ODM), un dictionnaire open source et un ensemble d'outils de données pour améliorer l'interopérabilité des données de surveillance environnementale et permettre le stockage de (méta) données contextuelles. Le modèle de données décrit comment stocker les données du programme de surveillance environnementale, les métadonnées sur les mesures prises sur divers spécimens (eau, air, surfaces, sites, populations) et les données sur les protocoles de mesure. Le modèle fournit des outils logiciels qui appuient la collecte et l'utilisation de données formatées PHES-ODM, y compris l'exécution de calculs PCR et de valider les données, l'enregistrement des données dans des modèles d'entrée, la génération de tableaux larges pour l'analyse et la production de définitions de bases de données SQL. Entièrement open source et déjà adopté par des institutions au Canada, dans l'Union européenne et dans d'autres pays, le PHES-ODM offre une voie à suivre pour créer des ensembles de données solides, interopérables et ouverts pour la surveillance de la santé publique environnementale pour le SRAS-CoV-2 et au-delà.

Mots clés : modélisation des données, santé environnementale et publique, métadonnées, science ouverte, SRAS-CoV-2, épidémiologie basée sur les eaux usées